Основу музея составили имеющиеся на кафедрах ГГФ коллекции минералов и горных пород. Значительная часть образцов была собрана сотрудниками музея непосредственно на месторождениях в ходе проведения командировок и экспедиций. Большое количество красивых образцов было найдено членами студенческого геологического клуба «Кристалл» (1979-1991), экспедиции которого охватывали всю территорию бывшего Советского Союза. Сейчас коллекции пополняются в основном за счет поступлений от студентов и преподавателей НГУ и сотрудников Объединенного института геологии, геофизики и минералогии СО РАН, а также от частных коллекционеров. В настоящее время в выставочном зале музея экспонируется более двух тысяч образцов, объединенных в различные тематические коллекции. Кроме этого, имеются учебные коллекции горных пород и минералов для самостоятельных занятий студентов.
