С началом Великой Отечественной войны из центральных районов Советского Союза в Томск были эвакуированы около 40 промышленный предприятий. В этот период на территории города работала одна электростанция, которая не могла справиться с возросшим количеством потребителей. В декабре 1941 года на ТЭЦ-1 запустили в работу оборудование, эвакуированной электростанции из белорусского Гомеля, а также установили два паровоза ФД (Феликс Дзержинский). Все эти меры позволили увеличить выработку электроэнергии в два раза по сравнению с довоенным 1939 годом. Однако, несмотря на модернизацию электричества по-прежнему не хватало и в 1943 году, в соответствии с постановлением Государственного комитета обороны началось строительство новой электростанции. Для этого была выделена земля на окраине города, строительные работы длились около двух лет, 28 мая 1945 года был получен первый ток промышленной частоты. А к нормальной эксплуатации ГРЭС-2 приступила уже 1 июня 1945 года.