Музей проводит научно-исследовательскую, учебную и просветительскую работу. Его сотрудники активно участвуют в подготовке и проведении научных конференций. Выездные выставки музея известны жителям девяти городов Сибири и посетителям выставки «Культура Алтая», проходившей в Сеуле (Южная Корея).
Начало фондам музея положила археологическая коллекция тобольских древностей С.К. Знаменского, которую 6 декабря 1882 г. передал в дар предприниматель М.К. Сидоров. Основной фонд: 300 тысяч единиц хранения. В музее хранятся собрания по археологии, этнографии, истории, нумизматике, бонистике, фалеристике, медалистике, разделам изобразительных искусств и документальных источников. В 2002 г. музей отметил 120-летие. Ныне это самый крупный вузовский музей азиатской части России.
Музей основан будущим попечителем Западно-Сибирского учебного округа и строителем Сибирского университета профессором В.М. Флоринским. Датой основания стало 6 декабря 1882 г. – день празднования 300-летия присоединения Сибири к России. К этой дате предпринимателем М.К. Сидоровым была преподнесена в дар музею первая крупная археологическая коллекция тобольских древностей художника С.К. Знаменского. Именно с момента поступления данной коллекции В.М. Флоринский начал отсчет истории музея. В 2002 г. музей отметил свое 120-летие. Ныне это самый крупный вузовский музей азиатской части России.
Музейные собрания по археологии, этнографии, истории, нумизматике, бонистике, фалеристике, медалистике, разделам изобразительных искусств и документальных источников на первом этапе и вплоть до начала 1920-х гг. формировались из частных пожертвований представителей самых разных слоев населения Сибири и европейской части России, из коллекций расформированных музеев Сибири и отдельных приобретений университета. В советский период на ранее заложенной основе сложился фонд, насчитывающий сегодня около 300 тыс. единиц хранения, что составляет более половины музейного фонда Томской области.
