Институт живых систем был создан в 2012 году на базе двух структур: факультета биотехнологии пищевых продуктов СевКавГТУ и медико-биолого-химического факультета СГУ.
Медико-биолого-химический факультет существовал с 1930 года и прошел несколько этапов становления. Первоначально он был составной частью естественно-географического факультета Ставропольского госуниверситета. При его разделении в 1996 году был создан биолого-химический факультет, а после введения в 2004 году новой специальности «Медицинская биохимия» факультет получил свое последнее наименование.
Факультет биотехнологии пищевых продуктов также прошел несколько этапов становления. Первоначально в 1968 году он был создан как филиал Краснодарского политехнического института и занимался подготовкой технологов и механиков для мясной и молочной промышленности. В дальнейшем филиал превратился в факультет технологии пищевых производств Ставропольского политехнического института, а потом в факультет биотехнологии пищевых продуктов.
Контингент студентов и слушателей института живых систем составляет на 1 сентября 2012 года 1144 человека.
