В 1912 году с купцами Меснянкиными был заключен контракт на устройство в их доме на углу Торговой улицы и Александровской площади учебного заведения — Второй мужской гимназии. Это был старый двухэтажный дом, в котором нижний этаж занимали железо-скобяной магазин хозяев дома, хлебный магазин А.П. Кюфарова и знаменитая на всю губернию пивная А.О. Груби. Остальные помещения заняла гимназия.
Во время Великой Отечественной войны в здании школы находился военный госпиталь. После его закрытия в 1946 году директором мужской средней школы № 5 стал Хералов Кирилл Христофорович. По образованию он был учителем химии. Пользовался заслуженным уважением своих коллег и учеников. С 1954 года в школе было введено совместное обучение мальчиков и девочек. Именно при Кирилле Христофоровиче началась работа по созданию школьных музеев В.И. Ленина и Боевой Славы.
В 2006 году в лицее произошли большие изменения: был произведен капитальный ремонт здания, лицей стал экспериментальной площадкой федерального эксперимента «Информатизация системы образования», членом «Гимназического союза России». Лицей ведет активную работу по разным и отмечен в городских, краевых, всероссийских конкурсах.
В 2006 году была проведена аккредитация лицея, который и по настоящее время остается муниципальным общеобразовательным учреждением лицеем № 5 города Ставрополя.
C 1 января 2011 года лицей официально переименован в Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение лицей № 5 города Ставрополя
