Ставропольский государственный аграрный университет — один из крупнейших научных центров в регионе. Сотрудниками вуза проводятся уникальные исследования по многим актуальным направлениям. Разрабатываются энергосберегающие и ресурсосберегающие технологии, биотехнологии и биоресурсы, информационные технологии и методы математического моделирования в экономике и АПК. Например, на базе Регионального центра ветеринарной медицины активно ведутся разработки по выделению и использованию стволовых клеток при лечении различных заболеваний. Созданные при лаборатории генетический банк и центр искусственного оплодотворения являются важнейшим звеном в развитии животноводства Северо-Кавказского федерального округа. Многие научные исследования университета проводятся совместно с ведущими НИИ России, ближнего и дальнего зарубежья.
В университете обучаются свыше 13, 5 тысяч студентов, реализуются 32 образовательные программы. В структуре университета 11 факультетов, 61 кафедра, 30 инновационных структурных подразделений. В настоящее время в вузе работают 8 академиков РАСХН, 14 академиков и 12 членов-корреспондентов общественных академий, 131 докторов наук и профессоров и 416 кандидатов наук и доцентов. Число преподавателей, имеющих ученую степень, составляет 90, 1 % — это самый высокий показатель в системе аграрного образования России.
Подготовка научных и научно-педагогических кадров высшей квалификации осуществляется по 34 специальностям аспирантуры и 8 специальностям докторантуры. В университете функционируют 4 диссертационных совета с правом присуждения ученой степени кандидата и доктора наук по 11 специальностям в области биологических, сельскохозяйственных, ветеринарных и экономических наук. В диссертационных советах вуза защищено 292 докторских и кандидатских диссертаций.