«Засекин» неоднократно писал об уголовном преследовании Алексея Митрофанова и об его «тяжёлом недуге», не имеющем названия и требующем непрерывного лечения за рубежом. По данным из независимых источников, думский шоумен скрывается в Хорватии.
10 июня 2014 года экс-председатель думского комитета по СМИ Митрофанов был лишён депутатской неприкосновенности. Следственный комитет РФ подозревает его в мошенничестве в особом крупном размере за получение двухсот тысяч долларов от столичного предпринимателя, которому депутат обещал содействие при вынесении положительного для коммерсанта решения в арбитражном апелляционном суде.
7 июля вдова убитого бизнесмена и политика Олега Дергилёва обратилась с заявлением к председателю Государственной думы РФ Сергею Нарышкину, генеральному прокурору РФ Юрию Чайке и руководителю Следственного комитета РФ Александру Бастрыкину с заявлением, в котором утверждает о возможной причастности Алексея Митрофанова к убийству своего мужа. В заявлении Анны Дергилёвой, в частности, говорится о том, что скандально известный политик Алексей Митрофанов должен её мужу, убитому 10 октября 2013 года, 68 миллионов рублей. Алексей Митрофанов, согласно письменным распискам, обязан был вернуть деньги 1 и 25 ноября 2013 года.
28 июля глава следственного управления СК РФ по Самарской области, генерал-майор юстиции Валерий Самодайкин на своей пресс-конференции подтвердил, что следствие рассмотрит версию о возможной причастности к убийству Олега Дергилёва депутата Алексея Митрофанова. Ставший жертвой заказного убийства Дергилёв участвовал в уставном капитале более двадцати компаний в Самарской и Саратовской областях, которые занимались продажей недвижимости и запасных автомобильных частей, а также алкогольным бизнесом.
25 августа в Дорогомиловском суде Москвы состоялась досудебная подготовка, по результатам которой рассмотрение дела по иску вдовы Олега Дергилёва к Алексею Митрофанову было назначено на 17 сентября. Но Алексей Митрофанов на него не явился, и оно было перенесено на 10 октября.
24 сентября Алексей Митрофанов был освобождён от должности председателя комитета по информационной политике, информационным технологиям и связи Государственной думы РФ за прогулы. Полиция пока так и не может найти Митрофанова, а сам депутат уверяет через своих посредников, что он болен и вынужден неотрывно лечиться за рубежом. После снятия «прогульщика» с думской должности по инициативе члена фракции КПРФ Государственной думы РФ Андрея Андреева спикер федерального парламента Сергей Нарышкин сообщил, что место «эсера» Алексея Митрофанова должен занять другой «эсер». Такое решение следует из необходимости соблюдения принципа распределения комитетских постов между фракциями. Фракция «Справедливая Россия» выдвинула на этот пост Леонида Левина, который до этого был первым заместителем главы комитета по информационной политике, информационным технологиям и связи.
10 октября Дорогомиловский суд Москвы наложил обеспечительный арест на имущество Алексея Митрофанова по иску вдовы расстрелянного год назад совладельца сети магазинов «Горилка» Олега Дергилёва. Арест был наложен на половину квартиры депутата на Славянском бульваре в Москве, квартиру в поселке Сосны в Одинцовском районе Подмосковья, земельный участок в Псковской области, а также на три автомобиля - BMW X6, BMW 750 LI и «Волга М-21». Однако суд отказался арестовать имущество жены Митрофанова, как просили заявители.
