При передаче Русской православной церкви музейных ценностей, расположенных в Сампсониевском соборе, выявлены нарушения. Это ставит под сомнение соблюдение законности передачи собора.
Санкт-Петербургская Контрольно-счётная палата провела проверку документов, сопутствовавших передаче Сампсониевского собора в пользование РПЦ.
При проверке документов выяснилось, что Сампсониевский собор был передан церкви без соблюдения условий, предусмотренных законом. В постановлении городского правительства о передаче собора сказано, что документ вступает в силу только после заключения между Смольным и Петербургской епархией РПЦ договора, утверждённого Министерством культуры и касающегося музейных предметов, находящиеся в соборе. Такой договор означает то, что церковь берёт ответственность за сохранность музейных предметов. Однако выяснилось, что договор на музейные ценности Смольный заключил не с епархией (хотя именно она подавала заявку, и передать собор можно было только ей), а с другой организацией − приходом Сампсониевского собора. Но приход и епархия являются самостоятельными юридическими лицами.