История создания Иоанновского моста неразрывно связана с историей города на Неве. При закладке на Заячьем острове новой крепости четко осознали, что необходима надежная переправа. Первый деревянный наплывной мост соорудили через Кронверкскую протоку. Новая переправа соединила Заячий и Городовой острова. Первое название моста – Петров, и длительное время он оставался единственным.
Мост – постройки 1705 года, он имел два разводных пролета, располагавшиеся на деревянных балках. Зимой сооружение убирали и переправлялись по льду. В 1706 году конструкцию заменили подъемной и перенесли чуть выше по течению.
К 1738 году стало понятно, что крепость уже не будет участвовать в сражениях, и нет необходимости в дополнительных укреплениях. Мост опять подвергается перестройке: теперь он ориентирован на Иоанновские ворота. В 1760-х годах поверхность Петрова моста была вымощена булыжником, исключение составило только его разводное крыло. Переправа имела разделение на зону для пешеходов и проезжую часть.
В 1887 году мост перестраивают в очередной раз и переименовывают в Иоанновский, ориентируясь на название ближайшего равелина Петропавловской крепости.