В 2001 году Михайловский театр вернул себе историческое имя, в 2007 — славу самого светского музыкального театра Петербурга. Сегодня театр, сочетая вековые традиции, стремится держать руку на пульсе современного театрального процесса.

По инициативе и на личные средства нового директора Михайловского театра В. А. Кехмана в рекордно короткие сроки был произведен ремонт здания. Возрожденное парадное убранство зала и зрительской части позволяет зрителям комфортно проводить время. Меценатский проект В. А. Кехмана положил начало значительным изменениям в жизни театра: по приглашению генерального директора пост художественного руководителя балета занял народный артист Фарух Рузиматов, оперную труппу в течение года возглавляла Елена Васильевна Образцова, главным приглашенным дирижером стал молодой итальянский маэстро Даниэле Рустиони.

Залогом успеха и качества репертуарных спектаклей является работа педагогов-репетиторов: Никита Долгушин, Алла Осипенко, Евгений Попов, Светлана Ефремова и многие другие опытные артисты делятся секретами мастерства с молодыми солистами.

В театре проводятся балетные мастер-классы ведущих педагогов Европы и Америки. По приглашению Фаруха Рузиматова с балетной труппой Михайловского театра работали Наталья Макарова, Дженнифер Губэ, Жильбер Майер, Сирил Атанасофф, Михаил Мессерер.

Репертуарная политика театра заключается в особом интересе к итальянским операм, которые помогают молодым певцам проявить себя в исполнении этой сложной и очень красивой музыки. В балете особое внимание уделяется трем основным направлениям: реконструкции классических спектаклей, постановке абсолютно новых балетов и расширению детского репертуара.

В 175-м сезоне театр представил зрителям три балетные премьеры: романтическую историю «Жизель, или Вилисы», детскую сказку «Чиполлино», яркий героический эпос — «Спартак», две оперные премьеры — шедевры итальянского музыкального искусства: «Сельская честь» Пьетро Масканьи и «Любовный напиток» Гаэтано Доницетти. На сцене театра выступали титаны мирового классического искусства: Елена Образцова, Роберто Аланья, Пако де Лусия, Рене Флеминг. Состоялись гастроли Московского государственного академического камерного хора под руководством В. Минина, гастроли балета Московского академического музыкального театра им. К. С. Станиславского и В. И. Немировича-Данченко.

Гастроли оперной труппы театра в 175-м сезоне проходили в Японии и дважды в Москве, где на сцене Большого театра России и Музыкального театра им. К.С. Станиславского и В.И. Немировича-Данченко были представлены премьерные спектакли; гастроли балетной труппы — в Японии и Лондоне. Балет Михайловского театра, выступивший на сцене лондонского театра Колизей, был отмечен ведущими европейскими критиками и номинирован на самую престижную британскую награду в области танцевального искусства National Dance Awards сразу в двух номинациях: лучшая зарубежная труппа и лучший танцовщик (Денис Матвиенко).
Помимо прочего Михайловский театр участвует в фестивале «Площадь Искусств» и является одной из культурных площадок Петербургского международного экономического форума.

8 ноября 2008 году Михайловскому театру исполнилось 175 лет. Для современной истории театра значимым совпадением стал тот факт, что в этот день же праздновал свой 70-й день рождения знаменитый артист балета, а ныне педагог-репетитор Михайловского театра Никита Долгушин. Именно поэтому череда событий, посвященных 175-летию театра, открылась 8 ноября его юбилейным вечером. Юбиляра поздравили солисты Михайловского, Мариинского и Большого театров, которые исполнили фрагменты из балетов, ставших вехами на пути танцовщика. В честь Никиты Долгушина состоялась вторая балетная премьера сезона театра — «Павана мавра» Хосе Лимона с Фарухом Рузиматовым в главной партии.