Театр был основан 19 февраля 1987 года актером Юрием Томошевским, который задумал воплотить в жизнь идею «театра одного артиста». В конце 80-х годов, в перестроечное время, большой популярностью пользовались спектакли по поэзии «серебряного века». Поэтические моноспектакли возрождали чарующую атмосферу петербургских литературно-артистических собраний начала ХХ века.

На сцене театра, в подвальчике на 60 мест на ул. Гоголя, 16 (ныне — М. Морская), проходили музыкально-поэтические вечера с участием многих известных артистов — Аллы Баяновой, Елены Камбуровой, Татьяны Кабановой, Натальи Даниловой, Сергея Дрейдена, Игоря Волкова... Довольно скоро «Приют Комедианта» стал пристанищем для актеров и режиссеров, которые по тем или иным причинам не сумели в полной мере реализовать свой творческий потенциал в «штатных» театрах.

С 1995 года театр возглавляет режиссер и продюсер Виктор Минков. В 1997 году при поддержке ведущих деятелей культуры Санкт-Петербурга «Приют Комедианта» получает помещение в центре города, на Садовой улице, 27, и начинает работать как полноценный репертуарный театр.

Сейчас здесь играют более 100 артистов, среди них Инга Оболдина, Александр Баргман, Александр Ронис, Александр Новиков, Андрей Шимко, Марина Солопченко, Геннадий Смирнов, Анвар Либабов и многие другие известные актеры. С театром сотрудничают режиссеры Андрей Могучий, Вениамин Фильштинский, Игорь Коняев, художники — Александр Орлов, Эмиль Капелюш, Петр Окунев... Спектакли театра пользуются заслуженной популярностью у зрителей и не раз удостаивались престижных наград на театральных фестивалях в России и за рубежом, в том числе высшей театральной премии Санкт-Петербурга «Золотой софит» и Высшей театральной премии России «Золотая маска».

Театр «Приют Комедианта» — организатор международных проектов. В 2005 году состоялся I Международный театральный фестиваль «Ученики Мастера». Цель этого фестиваля — показать лучшие работы учеников выдающихся российских режиссеров. Фестиваль 2005 года был посвящен работам выпускников мастерской П. Н. Фоменко. В 2006 г. — работам выпускников К. М. Гинкаса. В 2007 г. — М. А. Захарова. В 2008 г. фестивальную программу составили спектакли выпускников петербургского мастера Г. М. Козлова.

«Приют Комедианта» много гастролирует по городам России, а в последние годы спектакли театра увидели зрители Швеции, Бельгии, Германии, Швейцарии, Польши, Литвы, Чехии, Финляндии, Белоруссии...