Ботанический музей — один из старейших в Санкт-Петербурге и России: датой его основания принято считать 1823 год. В настоящее время Ботанический музей — это отдел Ботанического института им. В. Л. Комарова Российской Академии наук; он расположен на Аптекарском острове, на территории Ботанического сада.
Фонды Ботанического музея создавались крупнейшими отечественными учеными Ф. Б. Фишером, Н. М. Пржевальским, П. К. Козловым, Ф. И. Рупрехтом, К. И. Максимовичем, Н. А. Монтеверде, П. И. Липским, В. Л. Комаровым, П. П. Жуковским, Н. И. Вавиловым, П. А. Барановым, Л. Е. Родиным, А. Л. Тахтаджяном и многими другими. История музея тесно переплетена с историей российской ботаники.
Экспозиции Ботанического музея посвящены растительности Земного шара, эволюции растительного мира, месту растений в жизни человека. В музее регулярно проводятся художественные и научно-популярные временные выставки, тематика которых связана с миром растений.
Обширные фонды Ботанического музея подразделяются на Дендрологическую коллекцию, в которую входят образцы древесин, Карпологическую (образцы плодов и семян) и Палеоботаническую (образцы ископаемых растений) коллекции, а также — коллекцию по Экономической ботанике (в ней собраны растения, используемые человеком, разнообразные изделия и продукты из них). Помимо этих разделов, в фонды музея входят Фототека и Архив — около 10 тысяч негативов, фотографий и документов XIX-начала XX века.
На базе богатых коллекций Ботанического музея его сотрудники ведут исследования по анатомии, морфологии, систематики и эволюции и различных групп растений.
