Начало своей истории Омский музей просвещения связывает с первым педагогическим музеем в г. Омске, который был открыт в Омской учительской семинарии «Обществом взаимного вспомоществования учащим и учившим Акмолинской области» в 1897 г.. Инициатором его создания был Митрофан Алексеевич Водянников, один из первых председателей Общества при Омской учительской семинарии.
С 1 января 2007 г. музей с новым наименованием: государственное учреждение культуры Омской области «Омский музей просвещения» -переподчинен Министерству культуры Омской области.
На конец 2008 г. в учетной документации зафиксировано 18831 единица хранения музейных предметов. Музей сегодня — это активная выставочная деятельность (за период с 1998 г. по начало 2008 г. проведено около 130 выставок), ежегодные научные конференции по истории образования и воспитания (выпущено восемь сборников), историко-педагогические экспедиции с участием школьников и студентов, научно-методическая работа с руководителями музеев учебных заведений.
В 2001 г. «Омский музей истории народного образования» стал соучредителем и членом Союза музеев России.
