Новосибирский театр кукол был создан 1 сентября 1933 года как студия кукольников при Новосибирском ТЮЗе. Основатели — режиссер М. Кисец и актриса Р. Ландис. В мае 1934-го состоялся показ первого спектакля «Петрушка в гостях у школьников». Репертуар сразу складывался разнообразно: спектакли делились на театр Петрушки (с перчаточными куклами) и марионеточный (с куклами на нитках).
Первый театр был создан в 2008 году. В труппу театра вошли выпускники Новосибирского государственного театрального института 2008-го и 2012-го годов выпуска, а позже и выпускники курса режиссёра Павла Южакова (2016 год).
Театр кукол «Пилигримы» организован в Новосибирске 2015 году, по инициативе известных профессиональных артистов-кукольников, с многолетним опытом работы в искусстве театра кукол, Елены и Владимира Кузнецовых, которые являются руководителями театра, создателями спектаклей, начиная от замысла, участия в создании кукол, декораций и заканчивая режиссерской постановкой и исполнением своих спектаклей.