Музей — это неотъемлемая часть современного общества, место пересечения научных и культурных традиций, злободневных вопросов и ожиданий будущего. Особенностью музея ННГУ является его «включенность» в общеуниверситетскую систему образовательной и воспитательной работы. Университет динамично развивается, вместе с ним развивается и музей.
Сложившаяся на сегодняшний день структура музея дает общее представление о его деятельности. Появились новые отделы: издательский, отдел виртуальных программ, музейной педагогики, реставрационная лаборатория, сектор мемориальных аудиторий и сектор работы с ветеранами и другие. Музей ННГУ является учебно-научной базой для обучения музеологов, культурологов, историков, биологов и других специалистов.
Музей университета вышел за пределы своей территории, он служит не только студентам и преподавателям, но всему населению города и области. Проводятся выездные художественные и научно-популярные выставки. Организуются совместные археологические и этнографические экспедиции, оказывается методическая помощь музеям города и области в подготовке презентаций, проводятся обучающие семинары, консультации.
Следует отметить работу сотрудников музея по подготовке выставок, связанных как с актуальными событиями в жизни высшей школы, так и деятельностью выдающихся ученых. Эти выставки, если можно так выразиться, очень «наукоемки», требуют работы в архивах, консультаций со специалистами профильных областей знаний, как правило, они приурочены к юбилеям ученых, кафедр или факультетов.
Музейная деятельность регулярно освещается средствами массовой информации. События жизни музея становятся предметом публикаций в газете «Нижегородский университет», журнале «Нижегородский музей».