Зрители попадают в лабораторию уже выросшего Тима, ученого-микробиолога, на лекцию о микроорганизмах. Но неожиданно «научная лекция» превращается в рассказ о самом невероятном приключении, случившемся с Тимом в его детстве. Маленьким мальчиком он попал внутрь человеческого организма, лично познакомился с различными бактериями и узнал о том, что человек — настоящий дом для бактерий, о том, как связано их многообразие с иммунитетом, как полезные бактерии защищают человеческий организм и где они живут, чем питаются и как размножаются.
Прямо на лабораторном столе разворачиваются невероятные декорации, в которых оказывается маленький Тим и встречающиеся ему на пути бактерии-куклы. Вместе со своим другом Бактероидом Тим путешествует по миру микроорганизмов человеческого тела, попадает на рок-фестиваль бактерий, пище-перерабатывающий завод, на ферму «Двенадцатиперстная кишка», в фантастический розовый лес Тонкого кишечника, случайно проваливается в аппендикс, благополучно доезжает до мегаполиса бактерий и, наконец, выбирается из организма, собрав команду полезных бактерий. А команду Тим собирал для того, чтобы вылечить маму. Тим помогает маме выздороветь, понимает, зачем же нужно мыть руки, чистить зубы и правильно питаться. А кроме того, после этого приключения, он твердо решает стать ученым.
