Во второй половине XIX века на месте современного вокзала располагалась пристань. Её история началась с лета 1882 года, когда купец Н. Гадалов впервые пришвартовал пароход к набережной Красноярска. Прежде это не представлялось возможным из-за каменистых гряд и выступов, образующих Казачинский порог. В том же месяце Н. Гадалов стал владельцем самого глубокого участка возле набережной для строительства пристани.
В 1958 году уменьшенная копия вокзала появилась в числе экспонатов Всемирной выставки в Брюсселе. Тогда проект удостоился серебряной медали.
Сейчас судьба речного вокзала в Красноярске неоднозначна. Его часто реконструируют, перестраивают, дополняют новыми офисами. Однако властям города удаётся сохранять и первоначальную роль здания. Еженедельно с вокзальных причалов отправляются прогулочные и пассажирские теплоходы, а также паромные переправы.
