31 марта 2008 года при клубе была создана детская спортивная школа. Возглавил новую структуру Владимир Шевелев, который на тот момент являлся тренером-селекционером главной команды. За основу создания методологии тренировочного процесса был взят международный опыт подготовки резерва крупнейших европейских и российских футбольных школ.
В апреле 2010 года были открыты первые филиалы Академии. В это же время главным ее тренером был назначен сербский специалист Александр Марьянович. На сегодняшний день на территории края зарегистрировано уже 29 филиалов с общей численностью 3500 воспитанников. В сентябре и декабре 2011 года в двух из них — в Белореченске и Тихорецке были открыты крытые манежи. В 2012 году подобные манежи также появились в Юбилейном микрорайоне Краснодара, Славянске-на-Кубани, Кропоткине и станице Динской.
Новый стадион ФК «Краснодар» имеет вместимость 34 тысячи мест, включая VIP-места и ложи.
