Музей «Бункер» находится в бывшем немецком одноэтажном железобетонном бомбоубежище, построенном в начале 1945 года. Сооружение, состоящее из 21 помещения, было электрифицировано, оборудовано системой связи, водоснабжения, канализации и подачи свежего воздуха. В марте 1945 г. штаб немецко-фашистских войск под командованием генерала Отто Ляша переехал в этот бункер, который стал называться командным пунктом генерала Ляша.

Вечером 9 апреля, после того как пал кенигсбергский замок и бои продолжались только в центре города, в убежище к коменданту кенигсбергского гарнизона генералу Отто Ляшу советское командование направило парламентера — гвардии подполковника П. Г. Яновского в сопровождении капитанов А. Е. Федорко и В. М. Шпитальника. В штабе противника парламентер предъявил ультиматум, который был принят,  — Кенигсберг пал.
В двух помещениях восстановлена обстановка немецкого штаба периода штурма и обороны города Кенигсберга, а именно: кабинет генерала Ляша и кабинет начальника штаба немецкого гарнизона полковника Зюскинд-Швенди. Здесь побывали обе группы советских парламентеров.