Государственный музей-заповедник «Ростовский кремль» основан 28 октября (10 ноября) 1883 года.

Музей располагается на территории архитектурного ансамбля бывшего Ростовского архиерейского дома (Ростовского кремля), который сформировался в результате строительной деятельности митрополита Ростовского и Ярославского Ионы III (Сысоевича) в 1670−1680-х годах.

Инициаторами создания музея выступили ростовские купцы, краеведы А. А. Титов и И. А. Шляков, архиепископ Ярославский и Ростовский Ионафан (Руднев), ярославский губернатор В. Д. Левшин, представители Московского археологического общества.

С организацией в 1959 г. Ярославского архитектурно-художественного музея-заповедника (г. Ярославль), Ростовский музей становится его филиалом, а в 1969 г. обретает статус самостоятельного музея-заповедника. Указом президента Российской Федерации от 24 января 1995 года № 64 музей-заповедник «Ростовский кремль» включен в государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов России.