Организован в 1941 на базе гастролировавшего в Иркутске Горьковского театра музыкальной комедии. Основатель и первый директор — актер Л.Сагайдачный. Во время Великой Отечественной войны с театром сотрудничали артисты Киевского академического театра оперы и балета.

В 1950-80-е годы в репертуаре преобладала классическая и советская оперетта, ставились произведения местных композиторов, в том числе оперетта «Желтый дьявол», балеты «Даурия» и «Кошкин дом», музыкальные сказки «Аленький цветочек», «Сказки золотого багульника» А.Кулешова.

В 1990 театр получил статус музыкального и новое здание, открывшееся 5 января того же года оперой «Кармен» Ж.Бизе. Впоследствии были поставлены оперы Дж.Верди, Р.Леонкавалло, Г.Доницетти, С.Рахманинова, А.Даргомыжского, балеты А.Адана, П.Чайковского и др. С середины 90-х годов благодаря сотрудничеству с «Театром пилигримов» ставятся рок-оперы. В 1997 открыта Камерная сцена. За последние годы гастролировал во Владивостоке, Ярославле, Воронеже, Киеве.