Зоологический музей основан в 1887г., когда началось поступление фондового материала. В основу легли сборы животных Северного Ледовитого океана, произведенные экспедицией известного полярного исследователя и ученого Нильса Адольфа Эрика Норденшельда во время сквозного плавания из Атлантического в Тихий океан на пароходе «Вега». За это беспримерное плавание и изучение северных морей он был удостоен высшей награды Русского Географического общества – Золотой константиновской медали. Высшей ценностью отличалась и пожертвованная музею серийная научная коллекция шкурок птиц из Кульджи и Семиречья генералом - губернатором степного края России Герасимом Алексеевичем Колпаковским, а также пожертвованная Санкт-Петербургским меценатом Сидоровым коллекция бабочек из Скандинавии и окрестностей Санкт-Петербурга.
Одновременно под руководством первого сибирского профессора зоологии Н.Ф.Кащенко, было положено начало сибирским сборам, в классическом для зоологических музеев варианте, с эпицентром сборов в районе Томска. Так была заложена основа крупнейшего азиатского собрания животных в научных коллекционных фондах России. Сейчас основу собрания составляют коллекции с территории Западной Сибири, Алтая, Казахстана и Монголии, а также некоторых мест Восточной Сибири и Приморья. Со временем возрастает и ценность собрания животных с других континентов Земли, за счет глобально редких видов как, например, гаттерии, киви, совиного попугая, сатира и др., которая есть в коллекции музея.
