Археологическая коллекция музея включает в себя материалы памятников различных исторических эпох, находящихся на территории Северного Кавказа — от нижнего палеолита до позднего средневековья.
Наиболее интересными в научном плане являются коллекции из следующих памятников:
- Комплекс энеолитических поселений у станицы Галюгаевской.
- Курганы эпохи бронзы и раннего железного века у Чограйского водохранилища, городов Усть-Джегуты и Кисловодска.
- Поселения и городища раннего железного века и средневековья у города Ставрополя и в Кисловодской котловине.
- Курганные группы ранних скифов (VII-VI вв. до н.э.) у с. Новозаведенное, хутора Красное Знамя и на территории города Ставрополя.
- Поселения и могильники аланской культуры из Верхнего Прикубанья.
- Материалы раскопок на Татарском городище.
- Материалы археологических разведок на Ставропольской возвышенности.
Археологические раритеты: