В 1693 году обветшавшая деревянная церковь Вознесения по просьбе игуменьи Евпраксии была разобрана, после чего по указу Петра I начато строительство каменной. Каменную Вознесенскую церковь заложил московский зодчий Осип Старцев, в 1693-1694 годах отстраивал московский зодчий Данила Калинин, в 1701-1704 годах заканчивал Кондрат Мымрин. Работы под их руководством вели каменщики из ярославских крестьян и смоленские стрельцы, средства на постройку церкви были выделены из казны. Строительство было осложнено повреждениями, которые в 1697 году нанёс недостроенной церкви сильный ураган.
В церкви Вознесения ранее был барочный иконостас с коринфскими колоннами, созданный мастером Юрием Беком; иконы для него писал протопоп Успенского собора Игнатий. Иконостас прежней деревянной церкви был перенесён в нижнюю церковь; клиросы для неё резала артель столяра из села Красного Марка Бородавкина.
В 1764-1765 по инициативе игуменьи Олимпиады Рыдванской к храму Вознесения пристроена придельная церковь Екатерины. В 1830 году над монастырскими воротами по проекту губернского архитектора Альшевского возведена церковь Ахтырской Божьей Матери. Вплоть до революции кельи монастыря оставались деревянными (не сохранились до нашего времени).
После революции монастырь был упразднён. Деревянные кельи снесены, часть монастырской территории (простиралась к западу и северу от собора до нынешней улицы Войкова) была отдана под городскую застройку. Долгое время в Вознесенской церкви располагался выставочный зал.
В настоящее время монастырь возрождён.
