Музей был создан в ноябре 1908г. Ранее он имел названия: естественноисторический, естественноисторический им.Пржевальского, природы местного края.
В настоящее время Музей природы и экологии располагается в здании Исторического музея (ул.Ленина, 8). Здесь работает стационарная выставка «Звери и птицы Смоленской области».
Ежегодно музей создает временные выставки различной тематики.
Стало хорошей традицией проводить в летне-осенний период выставку грибов. Успешно прошли выставки бабочек, построенные на основе различных научных и художественных идей; выставка «Тибет — крыша мира» (к 175-летию со дня рождения Н.М.Пржевальского), экологическая выставка «Спаси и сохрани». Совместно с партнерскими организациями были подготовлены выставки «Охотничьи трофеи», «Животные глазами детей». Есть опыт совместной работы с другими музеями. Так, итогом работы с Государственным Дарвиновским музеем по организации конкурса экологического плаката стала выставка «В гостях у природы», (2006 год).
Несмотря на то, что у музея нет собственных выставочных площадей, все-таки удается не только организовывать выставки, но и расширять их тематику.
С 2001 года в рамках каждой новой выставки стали создаваться проекты, направленные на вовлечение детей дошкольного возраста и школьников в активное освоение выставочной темы. С этой целью широко используются различные конкурсы, викторины, мастер-классы, игры. Выставки, на которые привлекаются работы детей, завершаются торжественным награждением участников.
