Строительство самарской кирхи было оплачено русским купцом Егором Никитичем Аннаевым, который, будучи по вероисповеданию католиком, в 1854 г. задумал строительство римско-католической церкви и пожертвовал на это свои средства.
После Октябрьской Революции 1917 г. кирха продолжала работать. Её закрыли 5 января 1930 года по постановлению горисполкома, а некоторых прихожан арестовали. Здание кирхи использовали для собраний «Союза безбожников», в дальнейшем в нём разместился склад.
Евангелическо-лютеранская община в Самаре была создана 19 августа 1991 г., 6 сентября 1991 г. по решению самарского горисполкома лютеранской общине был передан комплекс зданий Лютеранской кирхи, а 21 декабря 1991 г. в ней было проведено первое Рождественское богослужение. В кирхе начались ремонтные работы, 8 августа 1993 г. на ней был установлен крест, а 4 сентября 1994 г. кирху освятили. Первые богослужения 2 раза в месяц в ней проводили пасторы, приезжавшие из соседних регионов России, с 1995 г. здесь работал пастор Фридрих Демке, отвечавший также и за Ульяновскую область. С 1997 г. здесь начали проводить богослужения пасторы, которых направила в Самару Евангелическая Церковь земли Вюртемберг (Германия): Рольф Барайс, Маркус Шох, Ангелика Дёпманн и Маркус Лайдиг. С июня 2003 г. в Самарской кирхе работает механический орган.
