Фонд редкой книги музея насчитывает свыше 23 тыс. экземпляров книг и журналов на русском языке и 6000 томов на языках народов мира. Хронологические рамки собрания — XVII–XX вв.
Особую ценность представляет коллекция рукописной и старопечатной литературы — 165 книг. Самым ранним экземпляром фонда является «Книга глаголемая звезда пресветлая». Это рукописный источник XVII века, написанный скорописью, железистыми чернилами на белой ручной бумаге с филигранями. Рукопись была пожертвована в ЗСОИРГО Игнатовым и Тюфиным в 1878 г. «Звезда пресветлая» — это сборник легенд о чудесах Богородицы, один из наиболее значительных памятников России, который был широко распространен в XVIII веке. Палеографам известно 115 ее списков. В коллекции музея хранится список, который бытовал в Тобольске и в Томске, о чем свидетельствуют записи в книге. Одна из жемчужин фонда редкой книги — Евангелие, отпечатанное в Москве в 1760 г. Книга была пожертвована Омской Соборо-Воскресенской церкви, строительство которой завершилось к 1773 г. На форзаце сохранилась рукописная запись железистыми чернилами: «Пожертвована императрицей Екатериной II в 1774 году». Это Евангелие напрестольное. Книжный блок оформлен деревянными досками, обтянутыми бархатом. Внутри отпечатаны четыре авторские гравюры, под каждой из них надпись: «Гравировал Василий Иконников. Рисовал Семен Второв. 1757 год». После разрушения церкви книга поступила в музей.
