ГЦСИ создан в Москве в 1994 году и стал первой в России федеральной государственной специализированной музейно-выставочной и научно-исследовательской организацией в сфере современного искусства. ГЦСИ является подведомственным учреждением Министерства культуры Российской Федерации.
С момента создания ГЦСИ приоритетным направлением его деятельности были поддержка и развитие современного искусства в российских регионах. Филиалы ГЦСИ работают в Санкт-Петербурге (Северо-Западный), Владикавказе (Северо-Кавказский), Екатеринбурге (Уральский), Калининграде (Балтийский), Нижнем Новгороде (Волго-Вятский), Самаре (Средневолжский), Томске (Сибирский). Московский ГЦСИ осуществляет координацию и финансирование их деятельности.
Нижегородский филиал ГЦСИ создан в 1997 на базе общественной организации «Нижегородский центр современной культуры „Кариатида“». В 2007 году с появлением отделений в Самаре, Ижевске, Кирове и Казани переименован в Приволжский. После регистрации в конце 2014 года Средневолжского филиала ГЦСИ в Самаре, Приволжский филиал был переименован в Волго-Вятский для более точной идентификации филиалов по территориальному расположению.
