Музей в Новороссийске основан 7 июля 1916 г., по инициативе Л.А.Сенько-Поповского — вице-губернатора Черноморской губернии, как Музей природы и истории Черноморского побережья Кавказа. Торжественное открытие экспозиции состоялось 27 декабря 1916 г. Главным источником средств на содержание и развитие музея были добровольные пожертвования лиц, сочувствующих процветанию музея.
К началу Великой Отечественной войны Новороссийский краеведческий музей был крупным научно-просветительным учреждением Кубани. Его фонды насчитывали около 7000 экспонатов, научно-историческая библиотека — 44 500 книг. Экспозиция музея располагалась в шестнадцати залах.
В годы Великой Отечественной войны музей потерял почти всё. Помещения были разрушены, фонды разграблены, погибла научная библиотека. С помощью учителя Г.П.Алексаняна только несколько ящиков с частью археологических коллекций и документального фонда успели эвакуировать в г. Тбилиси.
Музей начал своё возрождение с января 1944 г. Директор музея В. М. Миронова усиленно добивалась выделения пригодного помещения, город лежал в руинах. К маю 1944 г. горисполком подыскал помещение в одном из уцелевших домов по ул.Коммунистической. В сентябре вернулись эвакуированные в Тбилиси экспонаты, а 7 ноября музей открылся для посетителей. В экспозицию вошли не только сохранившиеся экспонаты, но и собранные после освобождения города. К концу 1947 г. в фондах музея уже было 4435 экспонатов, в библиотеке — 200 книг.
За прошедшие годы значительно увеличились фонды музея — сейчас они насчитывают более 150 тыс. музейных предметов основного фонда. Они дают полноценную и разностороннюю картину истории развития Новороссийска и района с момента первых поселений людей на этой территории до сегодняшнего дня.
В настоящее время Новороссийский исторический музей-заповедник — второй по величине музей Кубани, центр патриотического, эстетического и нравственного воспитания подрастающего поколения.
